המנהל האקדמי מאגד את הנושאים שקשורים בתפר שבין המנהלה והאקדמיה.
המנהל האקדמי אחראי לגיבוש מדיניות בתחומי מינהל וארגון אקדמיים, מעקב אחר תוכניות הלימודים במכללה האקדמית כנרת ויישומן. המנהל האקדמי מרכז את הטיפול בסגל האקדמי של המכללה משלב קליטה, הקמה, בדיקת הזנות השעות, הפקת כתבי מינוי וכו'
המנהל האקדמי אחראי להבטחת שירותי מינהל יעילים וזמינים אל מול הסטודנטים וגורמי האקדמיה בתחומי פעילותו. המנהל האקדמי מגדיר, מפתח ומטמיע אסטרטגיה ארגונית רוחבית בתחום הניהול האקדמי.
השירותים הניתנים במנהל האקדמי: מדור סגל, מדור סטאטוס, מדור אישורים ובוגרים, מדור בחינות.